Sebelum menjadi kerajaan Islam, Buton diduga dipengaruhi ajaran Hindu dan Budha dari Kerajaan Majapahit. Sebab dalam kitab Negarakertagama, karangan Mpu Prapanca, disebutkan adanya Pulau Butuni untuk menjelaskan Pulau Buton yang merupakan salah satu wilayah yang ditaklukkan Gadjah Mada.
Agama Islam berkembang pesat di Buton ketika pemerintahan Sultan Murhum, atau Sultan Muhammad Isa Khalifatul Khamis.
Setelah masa-masa pemerintahan Islam itu, Kesultanan Buton mulai diakui di Nusantara. Bahkan hingga ke jaringan kekhalifahan kesultanan dunia. Sultan Buton pun dianugerahi gelar Khalifatul Khamis oleh Khalifa Otsmaniah, gelar yang umum digunakan oleh para sultan dalam jaringan kekhalifahan Otsmaniah.
Artinya, Khilafa Islamiyah di Turki-Istanbul (Kesultanan Otsmaniah) sebagai pusat pemerintahan Islam, mengakui kedaulatan Kesultanan Buton yang menjalankan secara penuh syariat islam dalam pemerintahan.
Kesultanan Buton membangun benteng pertahanan yang menjadi benteng terluas di dunia. Benteng itu dibuat pada 1634, masa pemerintahan Sultan La Buke dengan panjang 2.740 meter untuk melindungi area seluas 401.900 meter persegi. Benteng dilengkapi 16 bastion atau menara pengintai, dan 12 pintu gerbang.