Perjalanan Kesultanan Buton juga diwarnai dengan hubungan baik dengan VOC. Namun, tahun 1637 kedekatan itu berakhir. Keduanya berperang. Tapi, benteng Kesultanan Buton rupanya terlalu kuat untuk VOC.
Perang kembali terjadi pada 1752, 1755, dan 1776, karena VOC melakukan kelicikan dalam perdagangan rempah-rempah. Di bawah pimpinan Sultan La Karambau, Buton berhasil mengatasi Belanda.
Namun, muncul konflik internal di kerajaan hingga memperlemah Kesultanan Buton. Hingga akhirnya saat Indonesia merdeka pada 1945 Kesultanan Buton masuk dalam pemerintahan Indonesia, wilayah administrasi Provinsi Sulawesi Tenggara.
Kini Kesultanan Buton masih ada, pemegang tahta adalah Sultan Buton ke-40 Paduka Yang Mulia La Ode Muhammad Izzat Manarfa.
Ketua DPD RI, AA LaNyalla Mahmud Mattalitti, dan rombongan senator, ditemani Sekjen Majelis Adat Kerajaan Nusantara (MAKN) Yani WSS Kuswodidjoyo, sempat mengunjungi rumah tempat tinggal Sultan Buton ke-40 yang disebut Istana Sultan Falihi.
